Перша станція київського метрополітену, зведена у новому тисячолітті, відкривається на кістках. Станція «Дорогожичі» стала ювілейною 40-ю лінією, яка прийняла перший потяг 30 березня 2000 року. Її будівництво розпочалося в урочищі Бабин Яр, де колись знаходилися стародавні некрополі та військові могили.

Архітектори Валерій Гнєвишев, Микола Альошкін та Тамара Целіковська створили унікальний дизайн, який був запропонований на Державну премію України. У центральній частині використано білий мармур та рожевий граніт, а назва станції виведена зеленим кольором на білому фоні.

Саме ця станція має нетипово велику відстань до попередньої — 2,7 км, оскільки влада відклала будівництво «Герцена» заради швидшого запуску «Дорогожичів». На відкритті були присутні президент Леонід Кучма, мер Києва Олександр Омельченко та голова Верховної Ради Іван Плющ.

Назва «Дорогожичі» змінювалася шість разів під час проєктування, включаючи варіанти «Бабин Яр» та «Сирецька». Хоча у 2020 році існувала ініціатива перейменувати її на честь трагедії, Інститут національної пам'яті підтримав збереження історичної назви місцевості.

У жовтні 2024 року біля станції стався прорив каналізаційної мережі, що призвело до затоплення вулиці Юрія Іллєнка та підземного переходу. Ці інциденти пов'язані зі старими системами зливостоків 1950–1980-х років, які не розраховані на сучасні обсяги опадів.